歴史

　伝承によれば、744年（天平16年）、地方を巡っていた行基がこの地の洪水による被害を目の当たりにし、聖武天皇に懇願し人々のために建立したという。行基は、一般的な説では、668年（天智天皇7年）に生誕し、749年（天平21年）、菅原寺にて、81歳で入滅し、生駒市の竹林寺に埋葬されたとされているが、行基寺の伝承によれば、677年（天武天皇6年）に生誕し、757年（天平宝字元年）にこの地で入滅。埋葬されたとされている。1336年（延元元年）、結城友定の手により焼失。正平年間に再建される。1702年（元禄15年）、美濃高須藩藩主松平義行が行基寺を松平氏菩提寺とし、大規模な改修工事に着手する。1709年（宝永6年）、改修工事が完了する。1820年（文政3年）、山門が建立される。現在の本堂は1832年（天保3年）再建である。
　明治維新になるまでは、一般の人々が参拝することを禁止していた。