歴史

　西国三十三所観音霊場の最後（33番）の札所である谷汲山華厳寺の西方、さらに奥まった山間の小さな盆地に位置する。平安時代から鎌倉時代の仏像等、多くの文化財を有する古寺であるが、草創や沿革については史料が乏しく、平安時代末期ころまでの寺史はほとんど不明といってよい。
　寺伝によれば、横蔵寺は日本天台宗の宗祖、最澄が自作の薬師如来を安置して創建した寺とされている。伝承によれば、最澄は比叡山延暦寺を開創する際に、本尊薬師如来像を自ら刻んだが、その薬師如来像を造ったのと同じ霊木から、もう1体の薬師如来像を造った。

　最澄は、その2体目の薬師如来像を笈（おい、山伏や山林修行者が背中に背負う箱状のもの）に入れて背負いながら諸国を旅したが、延暦22年（803年）、横蔵寺のある地まで来た時に薬師如来像が動かなくなったので、ここに一寺を建立して薬師如来像を祀ることにし、地元の三和次郎大夫藤原助基が柤越となり、寺を建立したという（創建年は801年あるいは803年とも）。
　最澄自ら、笈を背負って都から遠く離れた美濃の山奥までやって来たというのは、史実として信じることはできないが、当寺が延暦寺と関係の深い寺院であることを示唆しているといえよう。なお、創建当時の横蔵寺は現在地からさらに1.5キロメートルほど奥に入った円山の頂上付近にあり、現在地に移ったのは近世初期である。
　鎌倉時代には38坊を有する大寺院だった（仁王尊胎内銘にある）というが、鎌倉時代から室町時代の寺史も、断片的にしか分かっていない。横蔵寺に言及した中世以前の文献としては、鎌倉時代後期の禅僧・無住の著である仏教説話集『沙石集』に「横倉薬師」の霊験について記しているのが挙げられる程度である。

　現存する仏像の中で、大日如来像（重要文化財）には平安時代最末期の寿永2年（1183年）の銘があり、同年、三重塔の本尊として造立されたことが明らかである。
　また、金剛力士（仁王）像には、建長8年（1256年）の銘があり、作者は鎌倉時代を代表する仏師の一人である肥後別当定慶であることがわかっている。寺史に関する史料の乏しい中で、これらの仏像の像内銘は貴重なものである。
　元亀2年（1571年）、織田信長の兵火で焼失し、現在ある本堂、三重塔、仁王門などの主要伽藍は江戸時代の復興である。織田信長の比叡山焼き討ちによって、延暦寺の伽藍が灰になった後、横蔵寺の本尊薬師如来像は、「延暦寺本尊と同じ霊木から造られた、最澄自作の像」という由緒ある像だということで延暦寺に移された。その代わりに、洛北の御菩薩池（みぼろがいけ、現・京都市北区の深泥池）から移されたのが、横蔵寺の現本尊である薬師如来像であるという。

　多くの文化財を有する寺として知られるとともに、「ミイラのある寺」として知られている。舎利堂に安置される「舎利仏」すなわちミイラは、妙心法師という人物の遺体である。妙心法師は横蔵寺の地元の村の出身で、俗名を古野小市良と言った。天明元年（1781年）に生まれ、諸国を巡って仏道修行をし、文化14年（1817年）、断食修行の後、今の山梨県都留市の御正体山で即身成仏したという。遺体は何らの加工もなく、自然にミイラ化したとされ、日本のミイラ仏の中では最も若い。当初は成仏した地の山梨県都留郡鹿留村で保存されていたが、明治初年に山梨県庁に移され、明治13年（1880年）に明治天皇が天覧になられた際に、故郷へ戻すようにとのお言葉があり、明治23年（1890年）、本人の出身地の横蔵寺に移された。（参照・即身仏）